Op de havo en het vwo worden leerlingen voorbereid op een studie in het hoger beroepsonderwijs of aan de universiteit. De havo en het vwo zijn opgedeeld in een onderbouw en een bovenbouw. Greijdanus Enschede biedt onderwijs voor de eerste drie jaar van de havo en het vwo. Na leerjaar 3 kunnen deze leerlingen hun schoolloopbaan vervolgen op de Greijdanusvestiging in Zwolle, de Passie in Wierden, het Bonhoeffercollege in Enschede of het Stedelijk Lyceum in Enschede.